Salmonella : salmonelloses humaines et animales

Taxonomie et habitat

Le genre Salmonella, nommé en l'honneur de Daniel Elmer Salmon, appartient à la famille des Enterobacteriaceae. La taxonomie a évolué vers une classification génomique basée sur l'analyse de l'ARNr 16S et des séquences multilocus (MLST). Deux espèces sont reconnues : Salmonella enterica (divisée en 6 sous-espèces : enterica, salamae, arizonae, diarizonae, houtenae, indica) et Salmonella bongori. Les sérovars d'intérêt médical (Typhi, Typhimurium, Enteritidis) appartiennent à S. enterica sous-espèce enterica.

Réservoirs et transmission

Salmonella est ubiquitaire, avec des réservoirs animaux variés : volailles (portage intestinal asymptomatique chez 10-20% des poulets), reptiles (70-90% des tortues et serpents excréteurs), porcs, bovins et rongeurs. La transmission à l'Homme est principalement digestive : ingestion d'aliments contaminés (œufs crus ou peu cuits, viandes de volaille, produits laitiers non pasteurisés), eau souillée, ou contact direct avec des animaux porteurs (reptiles domestiques). Les reptiles sont une source émergente de salmonelloses pédiatriques, justifiant des mesures d'hygiène strictes.

Épidémiologie

En Europe, S. Enteritidis et S. Typhimurium représentent 70% des isolats humains. Les fièvres typhoïdes (S. Typhi) sont endémiques dans les pays à faible niveau d'hygiène (Asie, Afrique), avec 11-21 millions de cas annuels. En médecine vétérinaire, S. Dublin (bovins), S. Choleraesuis (porcs) et S. Gallinarum (volailles) ont un tropisme spécifique. Les souches multirésistantes (pCMY-2, CTX-M-15) émergent dans les filières animales, posant un risque de transfert zoonotique.

Caractères culturaux et identification

Salmonella est un bacille à Gram négatif, de 0,7-1,5 × 2-5 μm, mobile (flagelles péritriches, sauf S. Gallinarum et S. Pullorum), aéro-anaérobie facultatif, non exigeant. La croissance est optimale à 37°C (15-42°C) sur milieux ordinaires (gélose nutritive) en 18-24h. Sur gélose au sang, les colonies sont grisâtres, lisses et humides (2-3 mm).

Milieux sélectifs

L'isolement nécessite des milieux inhibant la flore commensale :

• XLD (Xylose-Lysine-Désoxycholate) : colonies rouges à centre noir (production de H2S).
• Hektoen : colonies bleu-vert à centre noir (fermentation retardée du lactose/saccharose).
• SS agar (Salmonella-Shigella) : colonies incolores à centre noir, milieu très inhibiteur.
• Rappaport-Vassiliadis : bouillon d'enrichissement sélectif (24h à 42°C).

Physiopathologie et facteurs de virulence

L'infection débute par l'ingestion de 10⁵-10⁸ bactéries viables, survivant à l'acidité gastrique grâce à des systèmes de réponse au stress (rpoS, acid tolerance response). Les souches invasives (S. Typhi, S. Paratyphi) franchissent la barrière intestinale via les cellules M des plaques de Peyer, tandis que les souches non typhiques (S. Enteritidis) envahissent les entérocytes.

Mécanismes moléculaires

Deux systèmes de sécrétion de type III (TTSS) codés par les îlots de pathogénicité SPI-1 et SPI-2 jouent un rôle clé :

• TTSS-1 : injecte des effecteurs (SipA, SipC, SopE) induisant la polymérisation d'actine et l'internalisation dans des vacuoles (SCV).
• TTSS-2 : permet la survie intracellulaire en modulant le trafic vésiculaire et en inhibant la fusion lysosomale.

D'autres facteurs incluent :

• Entérotoxines (Stn) : stimulent l'adénylate cyclase, provoquant une sécrétion active d'eau et d'électrolytes.
• Flagelles : rôle dans la motilité et l'adhésion aux cellules épithéliales.
• Biofilm : résistance aux stress environnementaux (désinfectants, sécheresse).

Manifestations cliniques humaines et vétérinaires

Chez l'Homme

Deux syndromes distincts :

1. Gastro-entérites aiguës (8-48h post-ingestion) : diarrhée fébrile (38-39°C), douleurs abdominales, vomissements. Résolution spontanée en 3-7 jours. Terrain à risque : enfants <5 ans, immunodéprimés (VIH, corticothérapie).
2. Fièvres typhoïdes/paratyphoïdes : incubation 7-14 jours, fièvre prolongée, céphalées, splénomégalie, roséole (taches rose pâle sur abdomen). Complications : hémorragie digestive, perforation iléale, encéphalopathie. Portage chronique vésiculaire (1-4% des cas).

En médecine vétérinaire

Tableaux variés selon l'espèce animale et le sérovar :

• Volaille : pullorose (S. Pullorum) - mortalité embryonnaire, diarrhée blanche chez les poussins ; typhose aviaire (S. Gallinarum) - septicémie aiguë.
• Bovins : S. Dublin (avortements, arthrites, mammites) ; S. Typhimurium (entérite hémorragique).
• Porcs : S. Choleraesuis (pneumonie, septicémie) ; portage asymptomatique fréquent.
• Reptiles : portage sain fréquent, risque zoonotique majeur.

Diagnostic au laboratoire

Prélèvements

Selon le tableau clinique : selles (gastro-entérite), hémocultures (fièvre typhoïde), moelle osseuse, bile (porteurs chroniques), organes (autopsie animale). Transport à +4°C si délai >2h. Biosécurité niveau 2 (niveau 3 pour S. Typhi).

Examen direct

Coloration de Gram : bacilles à Gram négatif, isolés ou en petits groupes. Peu spécifique. Immunochromatographie (détection antigénique) disponible pour S. Typhi (sensibilité 80%).

Culture et identification

Étapes clés :

1. Enrichissement en bouillon Rappaport-Vassiliadis (24h, 42°C).
2. Isolement sur XLD/Hektoen (18-24h, 37°C).
3. Identification biochimique (galerie API 20E, MALDI-TOF).
4. Sérotypage (antisérums O, H, Vi selon Kauffmann-White).

Diagnostic moléculaire

PCR ciblant les gènes invA (invasion), ttr (spécificité genre), viaB (capsule Vi). Séquençage WGS pour les enquêtes épidémiologiques. Sérologie (Widal-Félix) peu utilisée (manque de spécificité).

Sensibilité aux antibiotiques et traitement

Résistances naturelles : pénicillines A (pénicilline G, aminopénicillines sans inhibiteur), macrolides (érythromycine), lincosamides (clindamycine), phénicolés (acide fusidique). Sensibilité habituelle aux céphalosporines de 3e génération, fluoroquinolones, carbapénèmes.

Principes thérapeutiques

Gastro-entérites : pas d'ATB systématique (allonge l'excrétion). Réhydratation orale/IV. ATB si formes invasives (ceftriaxone, ciprofloxacine). Fièvres typhoïdes : ceftriaxone (7-14j), azithromycine si résistance aux fluoroquinolones. Médecine vétérinaire : fluoroquinolones (enrofloxacine), colistine (selon antibiogramme). Prévention : vaccination (Ty21a, Vi polysaccharidique), contrôle des filières animales (PCR de dépistage).