Définitions et vocabulaire de bactériologie

Taxonomie et nomenclature bactérienne

La classification des bactéries repose sur un système hiérarchique codifié internationalement. L'unité de base est l'espèce (Species), regroupée en genre (Genus). La dénomination suit les règles du Code International de Nomenclature des Procaryotes (ICNP), avec un nom latin binomial en italique (ex: Escherichia coli). Une souche bactérienne correspond à un isolat spécifique, souvent désigné par une référence de collection (ex: Staphylococcus aureus ATCC 25923).

Concepts clés en taxonomie

Un clone désigne une population génétiquement identique issue d'une même cellule mère. Le biovar caractérise des variants physiologiques ou biochimiques au sein d'une espèce, le sérovar des variants antigéniques, et le pathovar des variants pathogènes. La notion d'espèce en bactériologie est complexe, combinant critères phénotypiques (≥70% d'homologie ADN-ADN) et génomiques (ANI >95-96%).

Les reclassifications taxonomiques sont fréquentes avec les avancées génomiques. Par exemple, de nombreuses espèces de Streptococcus ont été reclassées dans Enterococcus ou Lactococcus. La taxonomie polyphasique intègre désormais données phénotypiques, génétiques et phylogénétiques.

Structure bactérienne et terminologie

La structure bactérienne conditionne son identification et son pouvoir pathogène. La paroi, cible du Gram, distingue les Gram+ (peptidoglycane épais, acides téichoïques) des Gram- (peptidoglycane mince + membrane externe avec LPS). La capsule, couche visqueuse externe, est un facteur de virulence majeur (ex: Streptococcus pneumoniae).

Termes morphologiques

La morphologie bactérienne utilise des termes précis : coques (arrondis), bacilles (allongés), coccobacilles (intermédiaires), vibrions (en virgule), spirilles (spiralés). L'arrangement des cellules est également décrit : diplocoques, streptocoques (en chaînette), staphylocoques (en grappe), palissades...

Croissance bactérienne et culture

La croissance bactérienne correspond à l'augmentation du nombre de cellules par division binaire. La courbe de croissance comporte quatre phases : latence (adaptation), exponentielle (croissance maximale), stationnaire (équilibre) et déclin (mort cellulaire). Le temps de génération varie selon l'espèce et les conditions.

Conditions de culture

Les besoins en oxygène définissent les aérobies strictes, anaérobies strictes, anaérobies facultatives, microaérophiles et capnophiles. La température optimale distingue les psychrophiles (≤20°C), mésophiles (20-45°C) et thermophiles (≥45°C). Le pH optimal se situe généralement entre 6,5 et 7,5.

Les colonies bactériennes sont décrites par leur taille (en mm), forme (ronde, irrégulière), élévation (plate, convexe, umbonée), bord (lisse, ondulé), aspect de surface (lisse, rugueuse), couleur, opacité et consistance. Ces caractères morphotypiques sont essentiels pour l'identification présomptive.

Identification et résistance aux antibiotiques

L'identification bactérienne combine plusieurs approches : caractères culturaux, tests biochimiques (galeries API, VITEK), techniques immunologiques (agglutination, ELISA) et méthodes moléculaires (PCR, séquençage 16S). Le profil métabolique analyse la fermentation des sucres, la production d'enzymes (oxydase, catalase, coagulase...) et d'autres activités biochimiques.

Terminologie de la pathogénicité

Le pouvoir pathogène combine plusieurs concepts : la virulence (degré de pathogénicité), l'infectiosité (capacité à infecter un hôte) et la pathogénicité (capacité à causer une maladie). Les facteurs de virulence incluent les adhésines (pour la colonisation), les invasines (pour la dissémination) et les toxines (exotoxines et endotoxines).

Types de toxines

Les exotoxines sont des protéines sécrétées, souvent plasmidiques ou phagiques (ex: toxine tétanique). Les endotoxines sont des composants structuraux (LPS des Gram-). Les toxines AB ont une sous-unité A active et une sous-unité B de fixation. Les superantigènes activent non spécifiquement les lymphocytes T (ex: TSST-1 de S. aureus).

Les biofilms, communautés bactériennes enchâssées dans une matrice polymérique, sont associés aux infections chroniques (cathéters, prothèses). Le quorum sensing désigne la communication interbactérienne via des auto-inducteurs, régulant l'expression des gènes de virulence de manière coordonnée.

Vocabulaire des techniques moléculaires

La PCR (Polymerase Chain Reaction) amplifie des séquences d'ADN spécifiques. La PCR en temps réel (qPCR) permet une quantification. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) donne accès au génome complet. Le MLST (Multilocus Sequence Typing) analyse des gènes housekeeping pour la typage.

Méthodes de typage

L'électrophorèse en champ pulsé (PFGE) était la méthode de référence pour les investigations épidémiologiques. Le séquençage du génome entier (WGS) permet désormais une résolution supérieure. Le ribotypage analyse les espaces intergéniques 16S-23S. Les CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) servent aussi au typage.

Les méthodes MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight) identifient les bactéries par leur empreinte protéique. Les puces à ADN détectent simultanément de nombreux gènes (résistance, virulence). La métagénomique étudie l'ensemble des génomes d'un échantillon complexe (microbiote).