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title: "Salmonella : salmonelloses humaines et animales"
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section: "Bactériologie médicale & vétérinaire"
updated: 2026-11-09
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author: Collectif éditorial de bacteriologie.net
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# Salmonella : salmonelloses humaines et animales

> Support pédagogique de bactériologie (bacteriologie.net). Ne remplace ni un avis médical ou vétérinaire, ni un protocole de laboratoire validé.
> Source : https://bacteriologie.net/medicale/salmonella.html · Mise à jour : 2026-11-09

## Synthèse

- *Salmonella* est un bacille à Gram négatif, non sporulé, mobile (sauf *S. Gallinarum* et *S. Pullorum*), appartenant à la famille des Enterobacteriaceae.
- Plus de 2 600 sérovars identifiés, classés en deux espèces : *S. enterica* (6 sous-espèces) et *S. bongori*.
- Transmission principalement digestive : aliments contaminés (œufs, volaille, produits laitiers), eau, contact avec des animaux porteurs (reptiles, volailles).
- Chez l'Homme : gastro-entérites aiguës (80% des cas), bactériémies (5-10%), fièvres typhoïdes/paratyphoïdes (*S. Typhi*, *S. Paratyphi*).
- En médecine vétérinaire : salmonelloses aviaires (pullorose, typhose aviaire), avortements chez les ruminants, septicémies chez les porcs.
- Diagnostic : isolement sur milieux sélectifs (XLD, Hektoen), sérotypage (classification de Kauffmann-White), PCR pour les gènes *invA* et *ttr*.
- Résistances naturelles aux pénicillines A, macrolides et lincosamides. Résistances acquises aux fluoroquinolones et céphalosporines de 3e génération en augmentation.

## ⚡ Points clés (à retenir)

- Classification complexe : genre *Salmonella* divisé en 2 espèces (*S. enterica* et *S. bongori*) et plus de 2 600 sérovars (sérotypage selon les antigènes O, H et Vi).
- Réservoirs animaux majeurs : volailles (portage asymptomatique), reptiles (jusqu'à 90% de porteurs), porcs, bovins. Zoonose alimentaire préoccupante.
- Deux tableaux cliniques distincts : infections non typhiques (gastro-entérites) et fièvres typhoïdes/paratyphoïdes (maladies invasives systémiques).
- Facteurs de virulence clés : système de sécrétion de type III (TTSS-1 et TTSS-2), entérotoxines (Stn), facteurs d'invasion (*invA*), capsule Vi chez *S. Typhi*.
- Diagnostic différentiel : autres entérobactéries (*Citrobacter*, *Proteus*), *Campylobacter*, *Yersinia enterocolitica* en cas de diarrhée.
- Milieux sélectifs d'isolement : XLD (colonies noires centre rouge), Hektoen (bleu-vert centre noir), SS agar. Croissance aéro-anaérobie à 37°C.
- Résistances naturelles : résistance intrinsèque aux pénicillines A (pénicilline G, aminopénicillines sans inhibiteur), aux macrolides et aux lincosamides.
- Surveillance accrue des résistances : émergence de souches productrices de BLSE (pCMY-2, CTX-M), résistantes aux fluoroquinolones (mutations *gyrA*/*parC*).
- Prévention : cuisson suffisante des aliments, hygiène en élevage, vaccination des volailles (souches vivantes atténuées contre *S. Enteritidis* et *S. Typhimurium*).
- Obligation de déclaration : fièvres typhoïdes/paratyphoïdes (maladies à déclaration obligatoire), toxi-infections alimentaires collectives (TIAC).

## Taxonomie et habitat

Le genre *Salmonella*, nommé en l'honneur de Daniel Elmer Salmon, appartient à la famille des Enterobacteriaceae. La [taxonomie](https://bacteriologie.net/generale/systematique.html) a évolué vers une classification génomique basée sur l'analyse de l'ARNr 16S et des séquences multilocus (MLST). Deux espèces sont reconnues : *Salmonella enterica* (divisée en 6 sous-espèces : *enterica*, *salamae*, *arizonae*, *diarizonae*, *houtenae*, *indica*) et *Salmonella bongori*. Les sérovars d'intérêt médical (Typhi, Typhimurium, Enteritidis) appartiennent à *S. enterica* sous-espèce *enterica*.

### Réservoirs et transmission

*Salmonella* est ubiquitaire, avec des réservoirs animaux variés : volailles (portage intestinal asymptomatique chez 10-20% des poulets), reptiles (70-90% des tortues et serpents excréteurs), porcs, bovins et rongeurs. La transmission à l'Homme est principalement digestive : ingestion d'aliments contaminés (œufs crus ou peu cuits, viandes de volaille, produits laitiers non pasteurisés), eau souillée, ou contact direct avec des animaux porteurs (reptiles domestiques). Les reptiles sont une source émergente de salmonelloses pédiatriques, justifiant des mesures d'hygiène strictes.

### Épidémiologie

En Europe, *S. Enteritidis* et *S. Typhimurium* représentent 70% des isolats humains. Les fièvres typhoïdes (*S. Typhi*) sont endémiques dans les pays à faible niveau d'hygiène (Asie, Afrique), avec 11-21 millions de cas annuels. En médecine vétérinaire, *S. Dublin* (bovins), *S. Choleraesuis* (porcs) et *S. Gallinarum* (volailles) ont un tropisme spécifique. Les souches multirésistantes (pCMY-2, CTX-M-15) émergent dans les filières animales, posant un risque de transfert zoonotique.

## Caractères culturaux et identification

*Salmonella* est un bacille à Gram négatif, de 0,7-1,5 × 2-5 μm, mobile ([flagelles](https://bacteriologie.net/generale/piliflagelles.html) péritriches, sauf *S. Gallinarum* et *S. Pullorum*), [aéro-anaérobie](https://bacteriologie.net/generale/typerespiratoire.html) facultatif, non exigeant. La croissance est optimale à 37°C (15-42°C) sur milieux ordinaires (gélose nutritive) en 18-24h. Sur gélose au sang, les colonies sont grisâtres, lisses et humides (2-3 mm).

**Tableau 1 : Caractères biochimiques différentiels des principales *Salmonella***

| Test | *S. enterica* | *S. bongori* | *Citrobacter* |
| --- | --- | --- | --- |
| LDC | + | + | + |
| ODC | + | - | + |
| H2S (TSI) | + | + | V |
| Uréase | - | - | + |
| Indole | - | - | V |
| Malonate | - | - | + |

*LDC : lysine décarboxylase ; ODC : ornithine décarboxylase ; TSI : Triple Sugar Iron ; V : variable selon espèces.*

### Milieux sélectifs

L'isolement nécessite des milieux inhibant la flore commensale :

- XLD (Xylose-Lysine-Désoxycholate) : colonies rouges à centre noir (production de H2S).
- Hektoen : colonies bleu-vert à centre noir (fermentation retardée du lactose/saccharose).
- SS agar (Salmonella-Shigella) : colonies incolores à centre noir, milieu très inhibiteur.
- Rappaport-Vassiliadis : bouillon d'enrichissement sélectif (24h à 42°C).

## Physiopathologie et facteurs de virulence

L'infection débute par l'ingestion de 105-108 bactéries viables, survivant à l'acidité gastrique grâce à des systèmes de réponse au stress (rpoS, acid tolerance response). Les souches invasives (*S. Typhi*, *S. Paratyphi*) franchissent la barrière intestinale via les cellules M des plaques de Peyer, tandis que les souches non typhiques (*S. Enteritidis*) envahissent les entérocytes.

### Mécanismes moléculaires

Deux systèmes de sécrétion de type III (TTSS) codés par les îlots de [pathogénicité](https://bacteriologie.net/generale/definitions.html) SPI-1 et SPI-2 jouent un rôle clé :

- TTSS-1 : injecte des effecteurs (SipA, SipC, SopE) induisant la polymérisation d'actine et l'internalisation dans des vacuoles (SCV).
- TTSS-2 : permet la survie intracellulaire en modulant le trafic vésiculaire et en inhibant la fusion lysosomale.

> **⚠ Point de vigilance**
>
> La capsule Vi (antigène de virulence) de *S. Typhi* inhibe la phagocytose et la fixation du complément. Son expression peut entraîner des faux négatifs au sérotypage (masquage des antigènes O).

D'autres facteurs incluent :

- Entérotoxines (Stn) : stimulent l'adénylate cyclase, provoquant une sécrétion active d'eau et d'électrolytes.
- Flagelles : rôle dans la motilité et l'adhésion aux cellules épithéliales.
- Biofilm : résistance aux stress environnementaux (désinfectants, sécheresse).

## Manifestations cliniques humaines et vétérinaires

### Chez l'Homme

Deux syndromes distincts :

1. **Gastro-entérites aiguës** (8-48h post-ingestion) : diarrhée fébrile (38-39°C), douleurs abdominales, vomissements. Résolution spontanée en 3-7 jours. Terrain à risque : enfants <5 ans, immunodéprimés (VIH, corticothérapie).
2. **Fièvres typhoïdes/paratyphoïdes** : incubation 7-14 jours, fièvre prolongée, céphalées, splénomégalie, roséole (taches rose pâle sur abdomen). Complications : hémorragie digestive, perforation iléale, encéphalopathie. Portage chronique vésiculaire (1-4% des cas).

### En médecine vétérinaire

Tableaux variés selon l'espèce animale et le sérovar :

- **Volaille** : pullorose (*S. Pullorum*) - mortalité embryonnaire, diarrhée blanche chez les poussins ; typhose aviaire (*S. Gallinarum*) - septicémie aiguë.
- **Bovins** : *S. Dublin* (avortements, arthrites, mammites) ; *S. Typhimurium* (entérite hémorragique).
- **Porcs** : *S. Choleraesuis* (pneumonie, septicémie) ; portage asymptomatique fréquent.
- **Reptiles** : portage sain fréquent, risque zoonotique majeur.

## Diagnostic au laboratoire

### Prélèvements

Selon le tableau clinique : selles (gastro-entérite), hémocultures (fièvre typhoïde), moelle osseuse, bile (porteurs chroniques), organes (autopsie animale). Transport à +4°C si délai >2h. Biosécurité niveau 2 (niveau 3 pour *S. Typhi*).

### Examen direct

[Coloration de Gram](https://bacteriologie.net/generale/gram.html) : bacilles à Gram négatif, isolés ou en petits groupes. Peu spécifique. Immunochromatographie (détection antigénique) disponible pour *S. Typhi* (sensibilité 80%).

### Culture et identification

Étapes clés :

1. Enrichissement en bouillon Rappaport-Vassiliadis (24h, 42°C).
2. Isolement sur XLD/Hektoen (18-24h, 37°C).
3. Identification biochimique (galerie API 20E, MALDI-TOF).
4. Sérotypage (antisérums O, H, Vi selon Kauffmann-White).

**Tableau 2 : Diagnostic différentiel des entérobactéries H2S+**

| Caractère | *Salmonella* | *Citrobacter* | *Proteus* |
| --- | --- | --- | --- |
| Uréase | - | + (sauf *C. koseri*) | + |
| LDC | + | + | - |
| Motilité | + (sauf *S. Gallinarum*) | + | ++ (essaimage) |
| Fermentation lactose | - | V | - |

### Diagnostic moléculaire

PCR ciblant les gènes *invA* (invasion), *ttr* (spécificité genre), *viaB* (capsule Vi). Séquençage WGS pour les enquêtes épidémiologiques. Sérologie (Widal-Félix) peu utilisée (manque de spécificité).

## Sensibilité aux antibiotiques et traitement

Résistances naturelles : pénicillines A (pénicilline G, aminopénicillines sans inhibiteur), macrolides (érythromycine), lincosamides (clindamycine), phénicolés (acide fusidique). Sensibilité habituelle aux céphalosporines de 3e génération, fluoroquinolones, carbapénèmes.

**Tableau 3 : Profils de sensibilité des *Salmonella* (CA-SFM 2024)**

| Antibiotique | Statut | Commentaire |
| --- | --- | --- |
| Amoxicilline | V | Résistance fréquente (BLSE, pénicillinases) |
| Amoxi/ac. clavulanique | **S** | Actif sauf BLSE |
| Céfotaxime | **S** | CMI ≤ 0,5 mg/L (vigilance BLSE) |
| Ciprofloxacine | V | Résistance croissante (mutations *gyrA*) |
| Azithromycine | **S** | Alternative fièvre typhoïde |
| Cotrimoxazole | V | Résistances fréquentes en Asie/Afrique |

*S = Sensible ; R = Résistant ; V = Variable (selon référentiel CA-SFM / EUCAST).*

### Principes thérapeutiques

**Gastro-entérites** : pas d'ATB systématique (allonge l'excrétion). Réhydratation orale/IV. ATB si formes invasives (ceftriaxone, ciprofloxacine). **Fièvres typhoïdes** : ceftriaxone (7-14j), azithromycine si résistance aux fluoroquinolones. **Médecine vétérinaire** : fluoroquinolones (enrofloxacine), colistine (selon antibiogramme). Prévention : vaccination (Ty21a, Vi polysaccharidique), contrôle des filières animales (PCR de dépistage).

> **Note diagnostique**
>
> Les souches de *S. Dublin* présentent souvent un profil atypique : lactose retardé (+ à 48h), résistance naturelle à la polymyxine. Le sérotypage est indispensable pour confirmation.

## Références

1. Société Française de Microbiologie (SFM). *Rémic : Référentiel en microbiologie médicale*. 7e éd. Paris : SFM ; 2022.
2. Comité de l'antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM / EUCAST). *Recommandations 2024-2025 (Humaine et Vétérinaire)*.
3. Denis F, Ploy MC, Martin C, Cattoir V. *Bactériologie médicale : techniques usuelles*. 3e éd. Paris : Elsevier Masson.
4. Prescott LM, Willey JM, Sherwood LM, Woolverton CJ. *Microbiologie*. Bruxelles : De Boeck Supérieur.
5. Grimont PAD, Weill FX. *Antigenic Formulae of the Salmonella Serovars*. 9th ed. WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Salmonella ; 2007.