Antibiogramme : principe, méthodes et catégories S, I, R

Objectifs

• Guider le traitement d'une infection : choisir un antibiotique actif et, si possible, à spectre étroit.
• Détecter des mécanismes de résistance importants (BLSE, carbapénémases, SARM, entérocoques résistants aux glycopeptides), qui déclenchent aussi des mesures d'hygiène.
• Surveiller l'épidémiologie des résistances à l'échelle d'un service, d'un établissement ou d'un pays.

Un antibiogramme n'est réalisé que sur une bactérie pertinente sur le plan clinique, isolée en culture pure et identifiée. L'identification conditionne les antibiotiques testés et les règles d'interprétation.

CMI et concentrations critiques

La CMI est la plus faible concentration d'antibiotique qui inhibe toute croissance visible de la souche après incubation. Elle s'exprime en mg/L. Plus la CMI est basse, plus la souche est sensible.

Les concentrations critiques sont des valeurs seuils de CMI, ou de diamètre d'inhibition, qui classent la souche en S, I ou R. Elles tiennent compte de la distribution des CMI des souches sauvages, des données pharmacocinétiques et pharmacodynamiques, et des résultats cliniques. En Europe, elles sont fixées par l'EUCAST ; en France, le CA-SFM les publie avec ses commentaires. Elles sont mises à jour régulièrement : seule la version en vigueur doit être utilisée.

Méthodes

Préparer l'inoculum

On prépare une suspension de colonies jeunes, ajustée à l'étalon 0,5 de McFarland (environ 1 à 2 × 10⁸ bactéries par mL). Un inoculum trop riche réduit les diamètres d'inhibition, un inoculum trop pauvre les augmente.

Diffusion en gélose (méthode des disques)

La suspension est étalée uniformément sur une gélose de Mueller-Hinton, additionnée de sang pour les bactéries exigeantes. On dépose des disques chargés d'une quantité définie d'antibiotique. Après incubation (en général 16 à 20 heures à 35 °C), on mesure le diamètre de la zone d'inhibition autour de chaque disque. Plus le diamètre est grand, plus la CMI est basse : la relation entre les deux est inverse.

La méthode EUCAST impose des délais courts, résumés par la règle « 15-15-15 » : utiliser la suspension dans les 15 minutes, déposer les disques dans les 15 minutes après l'ensemencement, mettre en incubation dans les 15 minutes après le dépôt des disques.

Détermination de la CMI

• Microdilution en milieu liquide : méthode de référence ; gamme de concentrations en plaque.
• Bandelettes à gradient (type E-test) : la CMI se lit à l'intersection de l'ellipse d'inhibition et de la bandelette.
• Automates : identification et antibiogramme en quelques heures, sur des cartes ou plaques de microdilution.

Lecture interprétative

La lecture brute classe chaque antibiotique en S, I ou R. La lecture interprétative va plus loin : elle analyse l'ensemble des résultats pour reconnaître un phénotype de résistance et en déduire le mécanisme.

Elle applique des règles d'expert publiées par l'EUCAST et le CA-SFM. Exemples :

• un Staphylococcus aureus résistant à la céfoxitine est un SARM : il est rendu résistant à toutes les bêta-lactamines, sauf les céphalosporines actives sur le SARM ;
• une résistance naturelle connue est toujours rendue « R », quel que soit le résultat mesuré (par exemple Klebsiella pneumoniae et l'amoxicilline).

Des tests complémentaires confirment certains mécanismes :

• BLSE : image de synergie entre un disque de céphalosporine de 3^e génération et un disque d'amoxicilline + acide clavulanique (image « en bouchon de champagne ») ;
• carbapénémases : tests biochimiques, immunochromatographiques ou moléculaires ;
• résistance inductible aux lincosamides chez les staphylocoques et streptocoques : test de l'image en « D » entre érythromycine et clindamycine.

Exemple commenté

Exemple pédagogique fictif : antibiogramme d'une souche d'Escherichia coli isolée d'une urine, avec image de synergie positive.

Interprétation : phénotype de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE), à confirmer par le test de synergie. Le laboratoire le signale au clinicien et à l'équipe d'hygiène, car la souche est une bactérie multirésistante (BMR).

Contrôle de qualité et limites

Chaque série est validée par des souches de référence dont les résultats attendus sont connus : par exemple Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 29213 ou Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853.

Limites à connaître :

• l'antibiogramme est réalisé in vitro : il ne tient compte ni du site de l'infection, ni de l'état du patient, ni d'un biofilm ;
• certaines CMI tombent dans une zone d'incertitude technique (ZIT, ou ATU en anglais) définie par l'EUCAST : le résultat doit alors être confirmé ou commenté ;
• les bactéries exigeantes ou à croissance lente nécessitent des méthodes adaptées.