Tableau des résistances naturelles par espèce

Définition et principe fondamental

Les résistances naturelles, également appelées résistances intrinsèques, sont des caractéristiques inhérentes à une espèce bactérienne. Elles résultent de l'absence de cible pour l'antibiotique ou de la présence de mécanismes de protection constitutifs. Contrairement aux résistances acquises, elles ne dépendent pas de l'exposition antérieure aux antibiotiques et sont stables au sein d'une espèce donnée.

Ces résistances sont déterminées par des facteurs génétiques et physiologiques spécifiques à chaque espèce. Par exemple, les bactéries à Gram négatif possèdent une membrane externe qui constitue une barrière efficace contre certains antibiotiques. De même, les anaérobies stricts manquent de systèmes de transport actif nécessaires à l'accumulation intracellulaire des aminosides.

Mécanismes moléculaires

Les mécanismes moléculaires des résistances naturelles sont variés. Ils incluent :

• L'absence de cible moléculaire (ex : résistance des mycoplasmes aux β-lactames par absence de paroi)
• La présence de barrières physiques (ex : membrane externe des Gram négatifs)
• L'expression constitutive de systèmes de protection (ex : β-lactamases chez Pseudomonas aeruginosa)
• L'absence de systèmes de transport (ex : résistance des anaérobies aux aminosides)

Architecture moléculaire et mécanismes génétiques

Les résistances naturelles sont codées par des gènes chromosomiques présents chez tous les isolats d'une espèce. Ces gènes peuvent être constitutifs ou inductibles, mais ils ne résultent pas de mutations ou de transferts génétiques horizontaux. Leur expression est souvent régulée par des systèmes complexes qui intègrent des signaux environnementaux.

Chez les bactéries à Gram négatif, la membrane externe joue un rôle clé dans la résistance naturelle. Composée de lipopolysaccharides et de protéines, elle limite la diffusion des molécules hydrophobes et de haut poids moléculaire. Les porines, canaux protéiques de la membrane externe, régulent également le passage des antibiotiques en fonction de leur taille et de leur charge.

Exemples spécifiques

Plusieurs exemples illustrent la diversité des mécanismes moléculaires :

• Les entérocoques sont résistants aux céphalosporines en raison de la faible affinité de leurs PBPs pour ces antibiotiques
• Les mycobactéries possèdent une paroi riche en cires qui limite la pénétration de nombreux antibiotiques
• Les Pseudomonas expriment une β-lactamase AmpC constitutive qui hydrolyse les pénicillines et céphalosporines

Mise en œuvre au laboratoire

La détermination des résistances naturelles repose sur des méthodes standardisées de tests de sensibilité aux antibiotiques. Les techniques de référence incluent la diffusion en gélose (méthode de Kirby-Bauer) et la détermination des CMI par microdilution. Les résultats sont interprétés selon les critères des référentiels CA-SFM/EUCAST.

Les profils de résistance naturelle sont également utilisés comme critères d'identification bactérienne. Par exemple, la résistance naturelle des entérocoques aux céphalosporines permet de les distinguer des streptocoques. De même, la résistance des Pseudomonas à la colistine est un marqueur taxonomique important.

Interprétation analytique et contrôle qualité

L'interprétation des résultats de sensibilité aux antibiotiques doit tenir compte des résistances naturelles. Un résultat de résistance attendu pour une espèce donnée ne doit pas être considéré comme une résistance acquise. Cette distinction est cruciale pour éviter des erreurs d'interprétation et des traitements inappropriés.

Le contrôle qualité des tests de sensibilité inclut des souches de référence avec des profils de résistance naturelle connus. Ces souches permettent de vérifier la performance des méthodes et des milieux de culture. Les résultats doivent être comparés aux valeurs de référence publiées par les organismes de normalisation.

Applications médicales et vétérinaires

La connaissance des résistances naturelles est essentielle pour le choix des antibiotiques en médecine humaine et vétérinaire. Elle permet d'éviter des traitements inefficaces et de réduire la pression de sélection favorisant l'émergence de résistances acquises. Dans les deux domaines, les référentiels CA-SFM/EUCAST fournissent des recommandations basées sur les profils de résistance naturelle.

En médecine vétérinaire, certaines résistances naturelles présentent des particularités. Par exemple, les Pasteurellaceae sont naturellement résistantes aux macrolides en raison de la faible perméabilité de leur membrane externe. Cette caractéristique doit être prise en compte dans le traitement des infections respiratoires chez les ruminants et les porcs.